Vid anläggningar för djurhållning kan det finnas risk för föroreningar av vatten och luft. Näringsämnen och organiskt material kan förorena sjöar, vattendrag och grundvatten genom läckage från urin- och gödsellagringsplatser eller vid spridning av gödsel.
När det gäller luftföroreningar är det främst ammoniakavgång från gödsel samt spridning av lukt. Lantbrukare ska ha tillräckligt stor spridningsareal för att kunna sprida den gödsel som uppkommer i verksamheten.